L'intérêt qu'il y a à recompiler ses applications est le suivant: vous recompilez votre application comme vous le voulez, sur votre machine, pour votre machine. Vous n'utilisez pas un programme binaire qui a été recompilé pour une machine générique, en tenant compte d'une installation générique de GNU/Linux, mais un binaire spécialement conçu en fonction de votre système. Par exemple, l'application MPlayer, qui vous sert à lire les DVD et autres vidéos, est compilée généralement pour fonctionner sur une machine à base d'un processeur Intel. Pourtant, si vous recompilez MPlayer, vous pourrez activer certaines optimisations parce que vous avez un processeur Intel Pentium MMX, ou un AMD Athlon, avec d'autres spécificités encore. Ainsi, la lecture des vidéos prendra moins de puissance du processeur et utilisera au mieux votre matériel.

Un autre intérêt et tout aussi courant, est de pouvoir disposer de la dernière version de tel ou tel logiciel, parce que la dernière version apporte telle ou telle fonctionalité géniale qui n'est pas dans la version installée sur votre ordinateur. Tout cela parce que votre distribution n'est pas très réactive et que le paquet n'existe pas et n'existera pas avant un certain temps. Dans ce cas, pour disposer de la dernière version de votre logiciel, vous n'avez pas d'autre choix que de le recompiler.

Autre raison de recompiler ses applications encore, si vous voulez installer l'application dans un répertoire différent que celui prévu par votre distribution, parce que vous n'avez pas le mot de passe administrateur pour installer le paquet dans l'arborescence normale. Alors vous n'avez là non plus, pas d'autre choix que de recompiler l'application et de l'installer dans un répertoire où vous avez la permission d'écrire.